Канализациониот систем кој е изграден во 2013 година не функционира, a vодите во Охридското Езеро се загадуваат со отпадни води од фекалната канализација,стои во најновиот извештај на Институтот за јавно здравје кој се однесува на квалитетот и здравствената безбедност на површинските води за капење и проценка на здравствениот ризик за време на летната сезона. Во извештајот се наведува дека во фазата за третман на отпадни води постои само дробилица за фекалните материи, но не постојат филтри и нема хорирање на отпадната вода пред испуст во езерото, што претставува директен загадувач на езерото,се вели во извештајот кој го изработиле доц. д-р Мирјана Димовска, ас. д-р Александра Петрова, како и мед. сестра Ајла Зекири.
Хотел „Десарет”, автокамп „Градиште”, „Љубаништа” и „Ливадишта“, ресторан „Острово” и другите угостителски објекти во „Св. Наум”, се приклучени на канализациониот систем кој е изграден во 2013 година, но истиот не функционира.
Приватните куќи долж целиот брег како и селските населби: Трпејца, Љубаништа и Радожда за комуналните отпадни води користат септички јами чие празнење на места го врши јавната комунална служба. Во село Радожда, септичките јами од куќите или директно се празнат во езерото, или бидејќи се наоѓаат на самиот брег од плажата понираат во езерото и на тој начин се директни загадувачи на истото – се вели во извештајот.
Од ИЈЗ велат дека присутно е испуштање на санитарни и фекални води директно во речните корита од одредени приватни куќи.
Но, бидејќи станува збор за Езеро со значителен број на извори, постојано струење на вода, голема водна маса со способност за самопречистување, ова загадување не предизвикува големи промени во класата на водата – се забележува во извештајот на ИЈЗ.
Водата од Охридското Езеро земена во период од 1.1.2023 година до 28.6.2023 година ги исполнува законските барања во однос на физичко – хемиската анализа и истата се класифицира во I и II класа. Во однос на микробиолошките параметри, квалитетот на примероците површинска вода се класификацираат како одлична во поголемиот дел од мерните места.
